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百日咳桿菌為短桿狀或橢圓型,，長約0.3~0.5mm。革蘭氏染色陰性,，兩端著色較深,。該菌為需氧菌，最適生長溫度為35⁰C _~37⁰C,，最適PH值為6.8~7.0,。初次分離的菌株在包—姜（Bordet-Gengou）培養(yǎng)基上培養(yǎng)2~3天后，呈細小,、光滑,、凸起和銀灰色、不透明的珍珠狀菌落,，周圍有不明顯的溶血環(huán),。在液體培養(yǎng)基中成混濁生長，管底有少量粘性沉淀,。百日咳桿菌常發(fā)生光滑型（Smooth Form）至粗糙型（Rough Form）的變異,，即S—R變異，稱為相變異,。I相菌為S型,，Ⅱ相菌和Ⅲ相菌為過度型，Ⅳ相菌為R型,。一般在疾病急性期初次分離的菌為I相,，在疾病晚期或多次傳代后可出現(xiàn)Ⅱ、Ⅲ,、Ⅳ相變異,。故制備百日咳疫苗及凝集試驗用菌液均使用百日咳I相菌。百日咳桿菌對一般理化因子抵抗力甚弱,，56⁰C 30分鐘,、日照1小時即可致死。在干燥塵埃中能存活3天,。對氯霉素,，紅霉素等敏感,，對青霉素和磺氨藥有抵抗力。